(1) Putukate antimikroobsed peptiidid: putukad moodustavad suurima organismide rühma ja nende toodetavate antimikroobsete peptiidide arv on tohutu. Praeguseks on kaheksas klassis tuvastatud üle 200 putukate antimikroobse peptiidi tüübi, sealhulgas Lepidoptera, Diptera, Coleoptera ja Odonata; Nimelt on ainuüksi siidiussist (*Bombyx mori*) eraldatud 40 antimikroobset peptiidgeeni.
(2) Imetajate antimikroobsed peptiidid: imetajate antimikroobne peptiid Cecropin P1 eraldati esmakordselt sea peensoolest 1989. aastal. Praegu on sigadelt eraldatud vähemalt 18 tüüpi, lammastelt 30 ja veistelt 30 tüüpi.
(3) Kahepaiksete antimikroobsed peptiidid: kahepaiksetel on paljas nahk, mis täidab mitmeid funktsioone. Nende nahaeritised sisaldavad suurt hulka mitmekesise bioloogilise toimega bioaktiivseid peptiide; enamikul neist on antimikroobsed omadused. Esindades iidset ja tõhusat loodusliku kaitse vormi, liigitatakse need üldiselt antimikroobseteks peptiidideks.
(4) Kalade, molluskite ja koorikloomade antimikroobsed peptiidid: pardaksiin, 1986. aastal Moosese merikeelest (*Pardachirusatus*) eraldatud 35-amino-happe-jäägi peptiid, oli esimene antimikroobne aine, mis eraldati kaladest peptiid-amakatiooniks. -spiraalne struktuur, mis on võimeline membraani läbilaskma. See toimib ioonse neurotoksiinina ja on välja töötatud rida derivaate peptiide, millel on tugevam antimikroobne aktiivsus-ja madalam hemolüütiline aktiivsus kui melitiinil.
(5) Taimsed antimikroobsed peptiidid: taimed toodavad ka antimikroobseid peptiide, mis on struktuurilt sarnased putukates ja imetajates leiduvate defensiinidega; neid tuntakse taimedefensiinidena. Enamik taimede antimikroobseid peptiide on taimepatogeenide vastu väga aktiivsed, kuigi mõned neist avaldavad toksilisust ka gram{2}positiivsete ja gramnegatiivsete bakterite, seente, pärmide ja imetajarakkude suhtes. Tioniinid olid esimesed antimikroobsed peptiidid, mis taimedest eraldati.
(6) Bakteriaalsed antimikroobsed peptiidid: tuntud ka kui bakteriotsiinid, need hõlmavad nii katioonseid kui ka neutraalseid peptiide ning neid sekreteerivad nii gram{1}}positiivsed kui ka gramnegatiivsed bakterid. Bakterites on tuvastatud nelja tüüpi antimikroobseid peptiide: batsitratsiin, gramitsidiin S, polümüksiin E ja nisiin.
